This database represents validated bacterial cultures in the CFIA Charlottetown Lab Culture Collection Column Header Definitions Name Definition Genus A genus is a taxonomic rank used in the biological classification of living and fossil organisms in biology. In the hierarchy of biological classification, genus comes above species and below family Species A group of living organisms consisting of similar individuals capable of exchanging genes or interbreeding. The species is the principal natural taxonomic unit, ranking below a genus and denoted by a Latin binomial Sub species A category in biological classification that ranks immediately below a species and designates a population of a particular geographic region genetically distinguishable from other such populations of the same species and capable of interbreeding successfully with them where its range overlaps theirs Strain A strain is a genetic variant or subtype of a micro-organism (e.g., virus or bacterium or fungus). For example, a "flu strain" is a certain biological form of the influenza or "flu" virus Serogroup 1. a group of bacteria containing a common antigen, sometimes including more than one serotype, species, or genus. This is an unofficial designation, used in the classification of certain genera of bacteria, such as Leptospira, Salmonella, Shigella, and Streptococcus. 2. a group of viral species that are closely related antigenically. Host An organism that is infected with or is fed upon by a parasitic or pathogenic organism (for example, a virus, nematode, fungus). The term can also be applied, loosely, to a plant supporting an epiphyte. An animal or plant that nourishes and supports a parasite; the host does not benefit and is often harmed by the association.(medicine) recipient of transplanted tissue or organ from a donor.An organism that a parasite is situated within. Storage Date Date the culture was put in long term storage at -80C Resusitation Date Date brought out of storage for future use Resusitation media The type of media on which the culture will grow IMF Immunofluorescense- Immunofluorescence is a technique used for light microscopy with a fluorescence microscope and is used primarily on microbiological samples. This technique uses the specificity of antibodies to their antigen to target fluorescent dyes to specific biomolecule targets within a cell, and therefore allows visualization of the distribution of the target molecule through the sample ELISA ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) is a plate-based assay technique designed for detecting and quantifying substances such as peptides, proteins, antibodies and bacteria. In an ELISA, an antigen must be immobilized on a solid surface and then complexed with an antibody that is linked to an enzyme. Detection is accomplished by assessing the conjugated enzyme activity via incubation with a substrate to produce a measureable product. The most crucial element of the detection strategy is a highly specific antibody-antigen interaction. PCR Polymerase chain reaction (PCR) is a technique used in molecular biology to amplify a single copy or a few copies of a segment of DNA across several orders of magnitude, generating thousands to millions of copies of a particular DNA sequence. Bioassay A bioassay is an analytical method to determine concentration or potency of a substance or pathogen by its effect on living cells or tissues. Bioassays ware used to estimate the potency of pathogens by observing their effects on living tissues (in vitro).[2] Biochemical Testing Biochemical testing is used to identify bacterial species based on the following principles. Each different species of bacterium has a different molecule of DNA (i.e., DNA with a unique series of nucleotide bases). Since DNA codes for protein synthesis, then different species of bacteria must, by way of their unique DNA, be able to synthesize different protein enzymes. Enzymes catalyze all the various chemical reactions of which the organism is capable. This in turn means that different species of bacteria must carry out different and unique sets of biochemical reactions. When identifying a suspected organism, you inoculate a series of differential media. After incubation, you then observe each medium to see if specific end products of metabolism are present. This can be done by adding indicators to the medium that react specifically with the end product being tested, giving some form of visible reaction such as a color change. The results of these tests on the suspected microorganism are then compared to known results for that organism to confirm its identification. Pectolytic Ability to degrade pectins or cause pits in specific media 37 Growth observed at 37C AMG A type of media also known as differential media Sucrose A type of media Phosphatase A type of media Date issued The date all tesitng was completed and the culture was released to the end user Date Released The date all tesitng was completed and the culture was released to the end user /// Cette base de données présente les cultures de la souchotèque du laboratoire de l'ACIA à Charlottetown qui ont été validées Définition des titres de colonnes Nom Définition Genre Rang taxonomique utilisé en classification biologique des organismes vivants et fossiles. Dans la hiérarchie de classification, le genre est situé au-dessus de l'espèce et sous la famille. Espèce Groupe d'organismes vivants composé de sujets semblables capables d'échanges génétiques ou de croisements. L'espèce est la principale unité taxonomique naturelle. Elle est située sous le genre et désignée par un binôme latin. Sous-espèce Catégorie parmi les éléments de la classification biologique située immédiatement sous l'espèce. Elle désigne une population dans une région géographique donnée qui est distincte génétiquement des autres populations d'une même espèce et qui peut se croiser avec ces populations dans les aires d'habitats qui se chevauchent. Souche Une souche est une variante génétique ou un sous-type de microorganisme (par exemple, un virus ou une bactérie ou un champignon). Par exemple, une « souche grippale » est une forme biologique du virus de l'influenza (aussi nommé « grippe »). Sérogroupe 1. Groupe de bactéries possédant un antigène commun et qui englobe parfois plus d'un sérotype, d'une espèce ou d'un genre. Désignation non officielle qui est utilisée pour la classification de certains genres de bactéries, dont les Leptospira, les Salmonella, les Shigella et les Streptococcus. 2. Groupe d'espèces virales étroitement apparentées sur le plan antigénique. Hôte Organisme infecté ou attaqué par un organisme parasite ou pathogène (par ex. un virus, un nématode, un champignon). Terme pouvant généralement être appliqué à une plante qui soutient un épiphyte. Animal ou plante nourrissant et soutenant un parasite; l'hôte ne bénéficie pas de l'association et se trouve souvent désavantagé par elle. (En médecine) Bénéficiaire de tissu ou d'un organe transplanté fourni par un donneur. Organisme hébergeant un parasite. Date d'entreposage Date à laquelle la culture a été congelée à -80 °C pour une conservation à long terme. Date de réanimation Date de sortie d'entrepôt de l'échantillon pour utilisation future Milieu de réanimation Type de milieu sur lequel la culture réanimée se développera. IMF Immunofluorescense – Technique de microscopie photonique qui est utilisée au moyen d'un microscope à fluorescence principalement pour faire des analyses microbiologiques d'échantillons. La technique exploite la spécificité des anticorps à leur antigène pour cibler par coloration fluorescente des cibles biomoléculaires précises dans une cellule, et elle permet de visualiser comment la molécule cible est distribuée dans l'échantillon. ELISA Test ELISA (essai immuno-enzymatique). Technique analytique pratiquée sur plaque pour détecter et quantifier des substances comme les peptides, les protéines, les anticorps et les bactéries. Pour faire un test Elisa, on immobilise un antigène sur une surface solide, puis on le conjugue avec un anticorps lié à une enzyme. On procède à la détection en évaluant l'activité de l'enzyme conjuguée à l'aide d'une mise en incubation avec un substrat pour l'obtention d'un produit mesurable. L'élément le plus important de la stratégie de détection est d'utiliser une interaction anticorps–antigène très spécifique. PCR Amplification en chaîne par polymérase (PCR). Technique de biologie moléculaire utilisée pour amplifier une seule copie ou quelques copies d'un segment d'ADN en plusieurs ordres de grandeur, et pouvant générer des milliers ou des millions de copies d'une séquence donnée d'ADN. Bioessai Méthode analytique utilisée pour déterminer la concentration ou le taux de dilution d'une substance d'après ses effets sur des cellules ou des tissus vivants. Matériel de bioessai utilisé pour estimer l'activité des pathogènes par l'observation de leurs effets sur des tissus vivants (in vitro).[2] Épreuve biochimique Épreuve utilisée pour identifier différentes espèces de bactéries selon les principes suivants. Chaque espèce de bactérie possède une molécule d'ADN différente (c.-à-d., ADN possédant une série unique de bases nucléotidiques). Comme l'ADN code la synthèse des protéines, des espèces de bactéries différentes doivent donc être capables de synthétiser différentes enzymes protéiques à l'aide de leur ADN unique. Les enzymes catalysent toutes les diverses réactions chimiques dont l'organisme est capable. Ceci signifie que des espèces de bactéries différentes doivent effectuer des ensembles différents et uniques de réactions biochimiques. Pour identifier un organisme soupçonné, on inocule une série de milieux de différenciation. Après une mise en incubation, on examine chaque milieu pour détecter la présence de produits métaboliques finaux spécifiques. Cela peut se faire en ajoutant sur le milieu de culture des indicateurs qui réagissent spécifiquement au produit final testé et qui produisent une certaine forme de réaction visible, par exemple un changement de couleur. On compare ensuite les résultats des tests effectués sur le microorganisme soupçonné aux résultats connus de cet organisme pour la confirmation de son identité. Pectolytique Capacité de dégrader les pectines ou de produire des dépressions dans un milieu de culture donné 37 Culture observée à 37 °C AMG Type de milieu de culture aussi connu sous le nom de milieu de différenciation Sucrose Type de milieu de culture Phosphatase Type de milieu de culture Date d'émission Date d'achèvement de toutes les analyses et à laquelle les résultats de la culture ont été communiqués à l'utilisateur final Date de diffusion Date d'achèvement de toutes les analyses et à laquelle les résultats de la culture ont été communiqués à l'utilisateur final